Æbelholt Kloster Tegningen her viser udgravningen af klosteret i Æbelholt. Visse forløb af murene er man ikke helt sikre på, men at der har været tale om et afrundet anlæg omkring en klostergård er sikkert nok. I landskabet er de bevarede murrester synlige. De ukendte forløb er markeret med jordvolde.

Augustinerne havde ikke som mange andre ordener faste byggeregler, men Æbelholt kloster danner dog et firlænget anlæg efter det sædvanlige klosterskema med søjlebårne hvælvinger over de vigtigste rum, kapitelsal og spisesal, øst- og sydfløj og en stor korskirke samt nordfløj. Kirken har dog ikke endelig færdig i abbed Vilhelms tid, og ud for klosterets syd-øst-hjørne ligger en ganske lille kirkebygning eller kapel, foran hvis Skt. Thomas-alter Vilhelm midlertidig blev gravsat. Denne midlertidige kirke var som alle de egentlige klosterbygninger bygget af munkesten, hvilket er i uforklarlig modstrid med levnedsbeskrivelsens fremhævelse af, at den første kirke var af træ. I den store korskirke fandtes i korsskæringen en brønd, der muligvis er resterne af Vilhelms helligkiste. Igennem hele middelalderen blev der bygget på kirken; således synes det, at korsarmene til en hvis grad har været nedrevet. og koret har i gotisk tid mest en tresidet afslutning. Klosterets sanitære forhold har været ordnet med stor omhu; således løber øst for sovesalsbygningen en gravet vandrende gennem et stort muret rum, der bedst lader sig forklare som aftrædelsesbygning ("necessarium"), selvom dets anvendelse som vandmølle også har været foreslået. 

1555 befalede kongen i de såkaldte Klemmebreve, at Æbelholt klosterkirke skulle være fælles sognekirke for Tjæreby og Alsønderup menigheder, og at disses kirker skulle nedrives. 1560 ophæves Æbelholt kloster, og abbeden tager ophold i karmeliter­klosteret i Helsingør, hvor han dør 1561. På grund af Alsønderup- og Tjæreby-bøndernes klage over vanskelighederne med at vedligeholde den store Æbelholt klosterkirke, blev nedbrydningsordren for de to kirker kaldt tilbage i 1561, medens der samtidig blev givet ordre til nedbrydningen af Æbelholt kloster. Stenene blev brugt til byggeriet af Frederiksborg Slot.

I  tiden efter nedlæggelsen af klosteret og nedtagningen af kirken må også klosterbygningerne være blevet nedtaget, for at materialerne kunne benyttes andetsteds. Endnu i 1743 var der dog betydelige murrester tilbage, men i vor tid har ethvert spor af bygningerne været forsvundet og kun munkestensbrokker samt lejlighedsvis fundne grave i Æbelholtsvang angav stedet. 1935 foretog dr. med. ViIh. Møller-Christensen på eget initiativ prøvegravninger, hvorved først klosterets teglovn, der endnu 1562 har været i brug ved stenfremstilling til Frederiksborg, og senere klosterbygningernes sydvestlige hjørne blev lokaliseret. En samme år dannet komité skabte det økonomiske grundlag for omfattende udgravninger, det blev ledet af Nationalmuseet ved arkitekt C. G. Schultz i samarbejde med dr. Møller-Christensen, som varetog optagningen og undersøgelsen af det meget omfattende skeletmateriale, der fandtes omkring kirken og især i klostergården. På stedet er klosterets mure nu markeret ved volde, der dog visse steder kun formodningsvist angiver forløbet. 

Af litterære overleveringer, der fortæller om teglstenskirken, findes Absalons brev om tilkørslen af fundamentsten i foråret 1176 (?). Højalteret og koret i den færdige teglstenskirke blev indviet 1210. Kirken blev ombygget ca. 1324.

Af inventaret kender man foruden højalteret, der den 17. juni 1210 blev indviet til Skt. Thomas, en del andre altre. I 1479 fandtes foruden højalteret et helligkorsalter og et Vor Frue alter.

1492 gav paven aflad til dem, der på visse dage besøgte et af kong Hans(1481—1513) stiftet, til Vor Frue, Johannes Døber, Johannes Evangelist og Skt. Georg viet alter i kirken.

1512 stiftede rigsråden Aage Andersen Thott (død 1520) for sig og sin året 1511 afdøde hustru Dorthe Olufsdatter (Bonde) og sine forældre et alter (viet til Jomfru Marie). Dette alter fandtes "indenfor den søndre kirkedør på højre hand”, og foran dette alter blev rigsråden og hans hustru begravet. Pontoppidan siger herom følgende:

Hvor Æbelholt Kloster, samt efter Hvidtfeldts Ord, en liden Kiøbstad af samme Navn, haver staaet, sees endnu en Ligsteen med Opskrift: Hic Sepultus est nobilis Vir Akko Andreæ Miles, cum dilecta uxore Anna Dorothea, qui obiere Dronningholm, orate Deum pro illis. Derhos de Bliders Vaaben med Årstal 1520.

Efter reformationen tog kong Christian III (1536-59) i 1541 Æbelholt kloster under sin beskyttelse og forlenede det fra 1544- 60 til Christopher Trundsen, mod at denne gav abbeden Anders Ibsen anstændigt underhold.

Tegningen her er  en rekonstruktion af klosteret i Æbelholt. Det lille kapel uden for klosteret er til gæster og sogneboer. Kun indviede måtte komme i selve klosterkirken. Udenfor lå der også et hospital (ikke vist her).