Tegning Kirkens indre Bygningsarbejde Næste tilbygning Næste brand

Næppe stod Domkirken færdig før en heftig brand ramte den på den hellige Bernhards Dag, den 20. august 1282. Roskildemunken Peder Olsen fortæller, at "hele kirken brændte udvendig og indvendig og blev ynkeligt ødelagt". Ilden kom fra Stegerset (køkkenet) i ærkedegnens gård, som altså må have ligget for farligt i nærheden.

Kun det nordre tårn var endnu ikke opført. Ellers var kirken færdigbygget. Den blev genrejst, men med visse ændringer i den oprindelige plan. Visse træk var gået af mode, således korttårnene over koret, så ved ikke at genopføre disse, kom kirken til at se mere moderne ud. Genopretningen efter branden skete inden for en overskuelig periode.

Det kneb med pengene til at udbedre brandskaden. Det kneb så meget, at der blev lavet indsamlinger over hele Europa. Således udstedte 10 fremmede bisper i 1283 i Rom et afladsbrev, der gav aflad (syndsforladelse) til alle, der gav bidrag til kirkens genopførelse. Det blev direkte sagt i afladsbrevet, at kirkens egne midler ikke var tilstrækkelige. Indsamlingerne må have båret frugt (eller også havde kirken flere penge, end rygtet sagde, og Roskildes borgere, som heller ikke var så fattige,  kan også selv have bidraget med noget), for genopbygningen skete på rimeligt kort tid.