Clara mølle hed i middelalderen Det gamle hospitals- eller spedalskhedshospitalets mølle, og fra Skt. Jørgensgården kom den via byfoged Hermann i 1287 under Skt. Clara kloster (deraf navnet). Tilsyneladende er den gået retur til Skt. Jørgensgården (eller også var det en anden mølle i nærheden, klosteret fik i 1287), for i 1380 køber klosteret møllen af spedalskhedshospitalet (påny?). Det er den eneste mølle, klosteret stadig ejer i 1561, da universitetet overtager godset.

Møller Lars Jensen udvidede 1831 Skt. Clara Mølle, så der kunne produceres papir og pap. Møllen var sine sidste år udsalgssted for brugte byggematerialer, og hele herligheden bortset fra stuehuset blev revet ned 1984.