Klosterets fortid
	Den senere kirkegård

Ved reformationen blev klosteret opløst. Mens der er efterretninger fra mange andre byer om brutal optræden fra borgernes side over for munke, kendes der ikke til den slags modsætninger i Roskilde. 1561 blev klosterets bygninger og grund overdraget til den fynske adelsmand Corfitz Ulfeldt til Kogsbølle med "Huse, Gaardsrum og Haverum", dog ikke kirkegården og klosterkirken, som skulde være sognekirke for seks af de tidligere sogne. Resten af byen skulde henlægges til Domkirken, som først nu bliver sognekirke. Godt en halv snes år senere i 1574 befales det imidlertid, at gråbrødrekirken skulle nedrives, da den er farlig at opholde sig i p.gr.a. forfald. Det blev dog ikke alvor, for 1579 og 1580 gentages ordren! Det blev ikke alvor, før i 1625, da en del af kirken synes nedbrudt. Først nu nedlægges sognet, og menigheden hører frem over til domsognet. Her skal en særlig kapellan tage sig af beboerne i det nedlagte sogn. Tilbage stod den østre del af kirkebygningen som en slags kapel på kirkegården. Der har været holdt gudstjenester her, for Duebrødre hospitals fattige brugte stedet efter, at de 1654 var flyttet ind til byen fra vænget uden for Budolfi port. Den ses sammen med en ruinhob på Resens kort, som er gengivet på billedet her. Kapellet blev benyttet til gudstjenester og begravelser i hvert fald lige til 1700-tallet. Det berettes fra Duebrødres fattiggudstjenester lige før nedrivningen, at gudstjenesten ikke kunne ske "uden Helbreds Forliis, ja moxen Livsfare". Det var jo alvorligt.  

Kirkegården eksisterer stadig. Det var byens mindre fine kirkegård. De rige blev begravet i selve domkirken. De næstrigeste blev begravet på den kirkegård, der lå omkring domkirken. Og de mindre rige blev begravet på Gråbrødre Klosters gamle område, Gråbrødre Kirkegård.

På selve klostergrunden opførte Jakob Ulfeldt, der havde arvet området efter sin far Corfitz, i 1581 et hus på 24 fag med 6 boder, hver bod på 4 fag, der var til gratis boliger for seks "vedtørftige, fattige, gamle, husarme hjelpeløse Mennesker", der kunne bo der kvit og frit uden nogen husleje. Da husene blev revet ned i 1749 blev området, de havde ligget på lejet ud af magistraten til fordel for fattigkassen som Ulfeldts Vænge.