Herluf Trolle Herluf Trolles grav Freden i Roskilde 1568
	I unionstiden havde de danske konger ført Sveriges tre kroner i deres våben, men efter unionens ophør 1523 fjernedes de. Omkring 1550 satte Christian 3. imidlertid igen de tre kroner ind i kongevåbenet. I 1559 protesterede Gustav Vasa over for Frederik 2., som svarede at han kun førte de tre kroner som et minde om unionstiden. Som modtræk antog den svenske kong Erik fra 1560 et våben, der foruden Sveriges tre kroner og det gamle svenske løvevåben viste Norges og Danmarks våbner.

"I den grad er danskerne forhadte i udlandet, at det holdes for et skændsel og hånsord, når man siger: Din dansker! Og derfor hænder det ofte, at danskerne, der rejser i Tyskland eller andre lande, hverken vil eller tør bekende deres nationalitet, men siger, at de er nordmænd eller svenskere. Der findes blandt dem mange listige hoveder, som, når de vil bedrage svenskerne, lader sig formærke med sådan tale: Oh, I værdige herrer, kære brødre, gode venner, elskelige naboer! Vi er alle en slægt og byrd, et folk og udi et staldbroderskab, vi bør ikke trætte med hinanden, men hellere holde sammen og være i forbund, så ingen fjende kan stå os imod. Derigennem bedrager de mange, men siden har de megen morskab deraf indbyrdes sigende: Så snart vi får en god lejlighed, vil vi lade deres hoveder hugge af og dræbe dem med den skammeligste død, vi kan optænke; og dem vi har ladet komme af med halsen, vil vi pådigte de allersletteste laster, vi kan finde på, og siden lade dem optegne i vor historie, ligesom det var alt sammen i sandhed sådan tilgået . .."

Således beskrev den svenske historiker Johannes Magnus danskerne, dette listige folk, som altid pønsede på ondt. I sit store historieværk forherligede han i renæssancens ånd sine forfædre og opstillede en kongerække, der i lige linje førte fra Noas søn Magog til Gustav Vasa. Her så man den danske kong Dan som svensk lydkonge, og Skåne blev gjort til en røvet svensk provins. Den danske historiker Hans Svaning gav ham svar på tiltale i det skrift, han på regeringens vegne udarbejdede, men i sidste øjeblik fik man betænkeligheder ved at lade det trykke som et officielt arbejde. Det blev udsendt 1561 uden angivelse af trykkested og som forfatter anførtes den ikke særlig kendte Petrus Parvus Rosæfontanus (det betyder fra Roskilde på latin), der nylig var død. Propagandaen fik få lov at virke, men den danske regering vaskede sine hænder. Kansleren Johan Friis, der selv havde båret ved til bålet, veg tilbage for konsekvenserne, og indrømmede, at vi selv her i riget havde "ladet os høre med nogle puksord og truet Sverige så længe, at de ved ikke bedre råd, end de begynder før mod os end vi mod dem."

Den litterære fejde kunne dog ikke undgå at have virkning, og også striden om de nationale symboler ophidsede sindene. Den svenske tronfølger, hertug Erik, lod det danske våben med trekroner-mærket hugge bort fra et dansk skib i svensk havn, men en dansk adelsmand udtalte, at der skulle "stærke kløer og tænder til" for at gøre arbejde færdigt. De danske rigsråder, der med ængste hen så til, hvad fremtiden måtte bringe, var fuldt klar over, at fredsviljen ikke var fremherskende hos deres nye konge, og da Gustav Vasa døde 29. september 1560 i Arboga og fulgtes af sønnen Erik XIV, forsvandt den anden af de besindige konger, der havde stået sammen om indførelsen af reformationen i deres riger. Det gamle had blev overladt til de unge konger.

I maj 1562 mødtes Frederik II. med sine officersvenner i Segeberg i Holsten, hvor felttogsplanerne blev drøftet. Men hvervningerne havde dog allerede været i gang længe. I april havde kongen meddelt den svenske konge, at han havde ladet nogle knægte "løbe ind i riget" til forsvar af grænserne, og i maj modtog han brev fra kurfyrst August med meddelelse om, at rådet i Leipzig havde klaget over, at der foretoges hvervninger for den danske konge der. Ved månedens slutning var både Sjælland og Skåne "hel forlagt" med lejetropper. For almuen havde det varslet ilde, at et "vældigt, overnaturligt ildtegn på himlen" havde ladet sig se ved årsskiftet 1561-62. Alle vidste, at den slags kun kunne betyde krig, og landemodet i Roskilde havde da også anset det "for ganske nyttigt udi disse farlige tider, at der prædikes en gang til om ugen . . . på landsbyerne." Men der var også andre ting. For eksempel det skattebrev, der udgik 14. juni 1562 med satser, der langt oversteg, hvad man tidligere havde kendt. Af hver selvejerbonde krævedes 4 daler, af fæstebønderne det halve. Inderster, husmænd og pebersvende samt drenge, "som bruger kornsæd", dvs. tjenestekarle som modtog en del af lønnen i form af et stykke jord til dyrkning, måtte ud med hver 1 daler. Møllere med avlsbrug skulle ligesom jordegne bønder betale 4 daler, mens de af deres fæller, ikke havde avl, slap med det halve. Var der ingen dalerstykker for hånden, skulle 1 daler gælde 2 lod sølv eller 3 mark. Det var voldsomme skatter. Adelen, som var landets rigmænd, betalte ikke skat. Men adelen og rigsråderne måtte forstrække kronen med betydelige lån.

Krigen blev lang og dyr. Til lands nåede den danske hær aldrig til Stockholm som var målet. Tværtimod lykkedes det svenskerne at erobre Danmarks stærkeste fæstning, Varberg i Halland, så at den danske hær måtte bruge flere år på at belejre og generobre den. Den danske flåde, som hidtil havde været Østersøens stærkeste, blev smadret, og rigsadmiralen Herluf Trolle døde under kampen. Men svenskerne kunne ikke udnytte, at de nu blev den stærkeste sømagt, ligesom Sveriges hær (som i modsætning til den danske bestod af svenske værnepligtige og derfor var meget billigere end den lejede danske landsknægtehær) kunne ikke samle sig til alvorlige angreb på Danmark, bl.a. fordi man måtte opretholde en større hær i Letland for det tilfælde, at svenskernes fjender dér, russerne og/eller polakkerne skulle finde på at slutte sig til Danmark. Danmarks krig blev meget dyr for skatteyderne. Og den lejede hær havde oven i købet den frækhed, at landsknægtene gik i strejke (og nægtede at slås), når de ikke fik løn til tiden. Derfor blev krigen så langvarig.

For at skaffe penge til krigen og til lønninger til landsknægtene blev der indkaldt til herredag i Roskilde 12/3 1564. Der kom ikke noget konkret ud af mødet, og da det trak ud, blev det flyttet til København.

Roskilde kom atter ind i billedet i 1568. Da mødtes nemlig danske og svenske forhandlere for om muligt at slutte fred. Det lykkedes, men resultatet blev forkastet.

Efter freden i Stettin 1570 stod en stor opgave for døren: Man skulle betale den enorme gæld, krigen havde fået kongen til at stifte (mest ved at låne penge af adel og rigsråd). Det blev lensvæsenet, der skulle skaffe pengene, og det blev en tidligere lensmand fra Roskildegård, Christoffer Valkendorf, der blev sat til at få styr på rigets finanser.