Rasmus Bartholin Caspar Bartholin Bartholinerne

Thomas Bartholin er født 1616. Han blev 1647 professor i matematik, fra 1648-61 i anatomi. Han var svagelig, så efterhånden blev han fritaget for sine embedspligter. Han bevarede dog sin høje status ved at være kongens livlæge. Desuden blev han universitetsbibliotekar. Han trak sig sig altså tilbage fra aktiv tjeneste 44 år gammel, da han slog sig ned på Hagestedgård (som han havde købt 1663)  og levede som godsejer. Men han hævede stadig fuld løn på universitetet og fortsatte som dekan for det medicinske fakultet og dermed blev han i stand til at afgøre alle embedsbesættelser.

Han var en af Europas førende anatomer, inden han trak sig tilbage og overlod anatomien til broderen Rasmus. Han opdagede i 1653 lymfekarrene hos både dyr og mennesker og var også den første, der beskrev, hvilken funktion og betydning, leveren havde. Han udbyggede på den måde den opdagelse, englænderen Harvey havde gjort i 1628 af blodets kredsløb.

Som skribent udgav han 1673-80 (da han døde) et af verdens første videnskabelige tidsskrifter, Acta Medica et Philosophica, var med til at udgive Danmarks første farmacopé, forbedrede jordemodervæsenet og udarbejdede medicinalforordningen af 4/12 1672 (som stadig gælder på vise punkter og hedder Den store forordning om Medici og Apothekere). Jordemoderuddannelsen blev sat i system ved, at han 1672 lod afholde de første eksamener. Det var dog endnu begrænset, hvad lægevidenskaben kunne give af gode råd til jordemødre. De bedste midler, hvis der opstod problemer, var i følge eksamensstoffet stadig bøn og håb til Gud. 1674 udkom hans anatomiske hovedværk Anatomia Bartholiniana.

Han har også indlagt sig negativ fortjeneste. Den geniale geolog Niels Steensen (Nicolai Steno) fik ikke i 1664 stillingen som professor i anatomi ved Københavns Universitet. Bartholin sørgede for, at stillingen gik til sin meget ringere kvalificerede nevø Matthias Jacobæus (Jacobsen). Steensen endte i Italien, opdagede forstenede hajtænder og der igennem jordens geologiske aldre, blev katolik katolsk biskop og langt senere kåret som helgen. En bror til Mathias Jacobæus, Holger Jacobæus var i øvrigt gift med Thomas Bartholins datter Anne Margrethe, bliver professor og rektor og får en lystgård ved Roskilde.

Thomas Bartholin er far til slægtens sidste anatomiprofessor, Caspar Thomassøn Bartholin. Da Thomas Bartholin døde 1680, blev Hagestedgård solgt til svigersønnen, præsident i Kristiania, Laurids Jacobsen. Ved hans død i 1695 gik Hagested til netop Caspar Bartholin.