I november 1710 forekom der i den lille fiskerby Lappen tæt nord for Helsingør flere mistænkelige sygdomstilfælde, der viste sig i høj grad smitsomme. Og 21. januar 1711 så man sig nødsaget til helt at afspærre det lille fiskersamfund fra omverdenen; de raske sendtes til isolering på Saltholm. Endnu håbede man på, at der ikke var tale om den rigtige pest. Det så også sådan ud, idet soldaterne, som opretholdt afspærringen omkring Lappen, en tid undgik smitten. Men midt i marts indtrådte der en række dødsfald i Helsingør, hvor ofrene viste de ubedragelige tegn på sygen: Hævede kirtler, sorte pletter, og høj feber, ofte med vildelser. Pesten havde med sikkerhed holdt sit indtog i Danmark.

Der blev ikke straks truffet tilstrækkelig strenge forholdsregler, muligvis fordi man stadig ikke erkendte sygen som pest, og fordi mange tilfælde holdtes skjult. Hvad hjalp et påbud om, at ingen måtte forlade Helsingør og ingen rejse derind, når påbuddet ikke blev respekteret. I april var alle de omliggende landsbyer inficeret med pest, og det var nødvendigt at isolere hele det befængte område.

Helsingør og omegns isolering proklameredes i et kgl. patent den 25. maj 1711. Kongen havde besluttet med magt at lade staden og de omliggende landsbyer "indespærre og fra al omgængelse og handel med andre stæder at udelukke, såvel til lands som til vands". Hvis nogen skulle formaste sig til at forcere afspærringen indefra, måtte de vide, at vagten havde ordre til "sådanne uden persons anseelse straks at nedskyde og dræbe uden nogen tiltale eller straf derfor udi nogen måde at lide eller undgælde". Derimod stod det folk frit for at gå gennem afspærringen udefra, men dermed fulgte rigtignok, at de så måtte blive inden for afspærringen, indtil denne ophævedes.

Det var blevet pålagt militæret at gennemføre afspærringen. Overvågningen af landsbyerne skete på den måde, at en vagtstyrke på 81 mand hvert tredje døgn havde en 24-timers vagttjeneste. Styrken fordeltes på de ni landsbyer, der hørte til det farlige område. Det praktiske livs krav medførte visse lempelser i afspærringen. Således måtte en bonde godt udføre sit arbejde på landsbyens marker. Men der skulle i den slags tilfælde følge en soldat med ham for at sikre, at han virkelig vendte hjem igen, og at han intet samkvem havde med andre. Ingen måtte komme vagtposterne nærmere end 150 skridt. De syges forsyning med brødkorn var der også tænkt på; det kongelige magasin blev beordret til at udlevere så meget rug, som var nødvendigt til de pestramtes brødbagning.

Helsingørs afspærring sattes i værk på en lidt anden måde. Her blev der lagt en kæde af vagtposter uden om byen på en afstand af små 2 km. Soldaterne udlagdes kompagnivis i nærheden af de poster, som de havde ansvar for. Dette system suppleredes med en indre vagttjeneste, som påhvilede købstadens borgere selv; de stillede formodentlig poster op ved de vigtigste udfaldsveje fra byen. Hertil kom, at flåden lagde flere armerede fartøjer på byens red. På et af dem indrettedes midlertidigt Sundtoldkammeret. Hvor effektivt det hele har været, ved vi ikke, men myndighedernes gode vilje var i hvert tilfælde til stede.

Et var imidlertid afspærring, noget andet var sygdomsbekæmpelse. I virkeligheden stod lægerne fuldkommen hjælpeløse over for sygdommen. Ganske vist gav de patienterne, der indlagdes på de tre sygehuse, forskellige medikamenter - således anbefalede det medicinske fakultet ved Københavns Universitet øjeblikkelig brug af brækmidler - men man kan med god grund betvivle, at medicinerne har haft nogen som helst helbredende virkning.

I Helsingør var blevet nedsat et udvalg, sundhedskommissionen, der arbejdede ihærdigt med forebyggende foranstaltninger. Den sørgede så vidt det var gørligt for, at der opretholdtes udgangsforbud på hospitalerne og i befængte huse. Og den satte ind over for rømmede eller dødstømte huse; de blev grundigt udluftede og gennemrøgede, og alle efterladte senge- og gangklæder blev desinficerede ved rygning og vask eller simpelt hen brændt. Ligesom i København blev det for budt at holde svin, "såsom svinemøg er det farligste til at drage giften til sig".

Efter nogle måneders forløb kulminerede sygdommen. Et frygteligt højdepunkt nåede den i juli måned, da der døde i hundredvis af mennesker. Derefter faldt tallet på ofre hurtigt, og i oktober var prøvelsens tid forbi. Men da var Helsingør også blevet 1500 indbyggere fattigere, dvs. at byen havde mistet næsten 40 % af sin befolkning.