Det kan ikke siges med bestemthed, at pesten kom til København fra Helsingør, men det er sandsynligt. Det vides nemlig, at det trods alle sikkerhedsforanstaltninger lykkedes et større antal folk at slippe ud gennem postkæden omkring Helsingør, og at en stor del af flygtningene søgte til København.

Dødeligheden i København havde i første halvdel af 1711 været højere end normalt, men først i den sidste uge af juni sprang den alarmerende i vejret. Myndighederne var ikke sene til at reagere. Den 3. juli udgik der en plakat om forholdsregler mod pesten. Den var væsentligst rettet mod borgere, som i misforstået næstekærlighed hæmmede opsøgningen og anholdelsen af flygtede Helsingørborgere; fortsatte de med dette, ville de blive straffet "på livet uden al nåde". Samtidig opfordredes alle borgere til at efterleve forbudet om, at "intet lig herefter, som hastig er bortdød, med nogen ceremoni eller ligbegængelse at må begraves". Under trussel om streng straf skulle sådanne lig straks fjernes for ikke at smitte omgivelserne.

Pesten havde da allerede godt fat i byen, og der blev ansat en præst til de pestramte. Han skulle betjene de syge såvel i internaterne som "i de huse i staden, hvilke for mistænkte kunne anses". For det kommende år lejede man den tidligere regimentskvartermester Wodrofs gård på den anden side af Sortedamssøen, "hvilken vi til en sær brug uomgængeligen fornøden har", dvs. at den skulle bruges til pesthospital. Få dage efter nedsattes en sundhedskommission til at lede kampen mod den smitsomme syge.

Samtidig hermed begyndte flugten fra København. Frederik 4. havde allerede i juni forladt byen, om end sandsynligvis af andre grunde; nu fulgte kongehusets andre medlemmer efter. Et regeringsråd forblev endnu en tid i hovedstaden, men i august fik også det lov til at fortrække til Jægersborg. Mange velhavende borgere forlod staden med det nødvendigste, for en tid at slå sig ned på deres landsteder. Den brede befolkning havde ikke gods i provinsen, så den måtte blive, om end mod sin vilje. Først 3. august udstedtes forbud mod at forlade byen, men det kom dog tids nok til foreløbigt at hindre smittens udbredelse til det øvrige Sjælland.

Pestens hurtige spredning i hovedstaden kan aflæses på den befaling, som politimester Johan Bertram Ernst modtog 7. juli 1711. 1 syv punkter opregnedes de foranstaltninger, der nu ansås for nødvendige: Han skulle lade opføre barakker ude ved Wodrofsgård, hvis det ikke på anden måde var muligt at huse de pestramte. Kongen ville stille tre telte til rådighed for pesthospitalet. Med landsfaderlig omsorgsfuldhed blev det gjort klart, at et telt kunne bruges til de syge, et til køkken, og et til sygebetjentene. Østerport skulle lukkes, så trafikken til og fra byen blev lettere at kontrollere. Der skulle oprettes en sygeobservation i et af husene nær volden, hvor mistænkelige tilfælde hos "syge tjenestefolk og andre deslige" kunne sendes hen. Da de 66 københavnske vægtere umuligt kunne overkomme bevogtningen af pesthusene, bemyndigedes politimesteren til at antage endnu 20 mand eller mere. Pesthusene skulle "tilnagles, på det ingen sig derudi skulle indsnige, og sygdommen på ny der begyndes". Endelig skulle politimesteren skaffe sig oplysning om, hvilke forråd der fandtes af proviant og brædder. 

De tre mest påtrængende problemer var smitten, sygeplejen og de døde. Hvad smitten angår, havde man den sikkert ganske rigtige opfattelse, at sygdommen bl. a. udbredtes gennem befængte klæder, møbler, huse o. l.. Der blev der klart af en udtalelse, sundhedskommissionen afgav den 3. august: "Hver time formerer ulykken sig og må endnu mere forøges, når de syge ikke kunne adskilles fra de sunde, af mangel på sygehuse. Besmittelsen og dødstilfældene vil tage til over al måde, tillige med vanskeligheden eller umuligheden af at få de døde begravet, helst efterdi det er lettere at bestille 12-16 døde på lazarettet eller krigshospitalet til jorden end at begrave en død fra staden, og dog forårsages der ved denne ene mere stank og besmittelse".

Der var adskilligt besvær forbundet med driften af de to store pesthospitaler, især med at skaffe tilstrækkeligt personale. Man indførte derfor den rimelige ordning, at patienterne skulle gøre tjeneste på hospitalet en måned efter overstået sygdom. Det var nemlig konstateret, hed det i en forordning 12. august, at de helbredte kunne forrette "de syges betjening uden fare, når de sig ej selv udi deres egen diæt forser". Lysten til denne tjeneste var dog ikke stor, og mange unddrog sig den ved at stikke af. Det var heller ikke alle blandt hospitalernes lønnede personale, der var præget af stærk pligtfølelse. Mange af kvinderne var "trodsige, skødesløse og efterladende i deres forretninger". Og en del af deres mandlige kolleger viste sig, ifølge ovennævnte forordning, "ofte meget ublu med fylderi og opsætsighed imod deres foresatte inspektør og ligskriver, så og imod al forbud og aflagt ed fordrister sig fattige folks penge for syge og dødes bortførsel at aftrænge".

Endelig listede der sig en del folk ind på hospitalsområdet, "især formastelige kvinder". De drev forbudt handel med patienterne, hvad der kunne være galt nok, men værre var, at de i mange tilfælde stjal fra de syge. Tyvekosterne blev kastet over hospitalets plankeværk og hentet senere. Også plyndring af forladte huse forekom.

Et særligt uhyggeligt problem forårsagedes af det overvældende antal døde. Ligene ansås for at være overordentlig smittefarlige, hvorfor de måtte skaffes af vejen omgående, senest inden 24 timer. Dette strenge krav skabte mange vanskeligheder. Det var svært for ligsynsmændene at overkomme deres sørgelige gerning inden for den befalede frist; men det var også svært for den dødes pårørende at fremskaffe en kiste, især hvis de var uden midler. Det blev derfor bestemt, at fattigfolk på det offentliges regning kunne få udleveret "en uhøvlet fri kiste, eller også brædder og søm til en kistes forfærdigelse", når de fremviste en seddel fra myndighederne for "ligkiste-skriveren". Forsøg på at tiltuske sig en kiste uden ret straffedes med fængsel og gabestok. Manglen på kister var imidlertid så stor, at man måtte regne med, at en del ikke kunne fremskaffes inden et døgn. I så tilfælde måtte ligene "udi lagen eller andet klæde af husfolkene indsvøbes", hvorefter de tidligt om morgenen eller sent om aftenen skulle borttransporteres "i de anordnede lugte-vogne".

Det synes at have været et særkende for pesten, at ofrenes lig udsendte en uudholdelig stank. Det var vel især den der gjorde, at man anså ligene for så smittefarlige. Således klagede vicekommandanten i Kastellet over den slemme lugt fra den nærliggende pestkirkegård. Den forårsagede, mente han, "at garnisonen sammesteds stikker i ikke ringe fare".

Stankplagen søgtes bekæmpet ved en slags desinfektion af ligene. Den døde skulle nedlægges i kisten med det tøj, han eller hun bar i dødsøjeblikket, hvorefter liget skulle bestrøs med ulæsket kalk. Graverne skulle altid have et lager af dette stof, idet processen skulle gentages, hvis liget skulle indsættes i et kapel i kirken. Forordningen, karakteristisk for enevældens omhu for detaljer, siger, at graveren skal bruge 1 del kalk til et lille lig, 2 dele til et mådeligt lig, og 3 dele til et "stort og fyldigt" lig.

En anden side af samme sag var kravet om en ordentlig, dyb jordfæstelse. Den skulle være tre alen dyb. Det var et så vældigt arbejde, at det nødvendiggjorde, at der udkommanderedes 200 soldater til det. Til gengæld måtte borgerskabet overtage disses vagttjeneste. Det var jo krigstid. Den 1. september fandt regeringen det nødvendigt at udstede en særlig forordning om begravelse. Det blev heri meget kraftigt påtalt, at man visse steder havde tilladt sig at stable kisterne oven på hinanden i den enkelte grav, således at det øverste kistelåg kun var dækket af 1 alen jord eller mindre. Man risikerede derved pestens opblussen til foråret, når "de uforsvarligt jordede lig aldeles befængte luften". Man måtte vide, at en kiste krævede en grav på 2 alens dybde, to kister krævede 4 alen, og tre kister 5 alen. Det var graverens pligt at kontrollere gravenes dybde. Forordningen forbød dog at ændre gjort gerning. De kister, der lå for nær jordoverfladen, skulle dækkes med mere jord; de måtte endelig ikke graves op på ny.

Med en så mægtig dødelighed (det skønnes, at der i alt døde 23.000), som der her var tale om, blev mangen familie fuldkommen udslettet, og de forældreløse børns tal steg voldsomt. Den 12. august indrettedes derfor et hus for forældreløse, et vajsenhus, i Lambert Vanniers gård på Christianshavn, hvortil "efter anvisning små fader- og moderløse børn kunne henbringes". Allerede fjorten dage senere var huset i fuld funktion.

Kampen mod pesten i alle dens former blev ledet af den omtalte sundhedskommission. Dens formand var stadsfysikus Johan Eichel, og den var i øvrigt sammensat af en række fremtrædende mænd fra den civile og militære administration. For at give den en særlig autoritet over for hovedstadens borgerskab, var det bestemt, at "tre af de dygtigste" blandt stadens 32 mands styrelse skulle optages deri. Kommissionen samledes hver formiddag og eftermiddag på rådhuset, hvor den modtog alle oplysninger om smittens udbredelse. Senere flyttede den til det hus på Nytorv, hvor det Ridderlige Akademi hidtil havde holdt til. På møderne toges alle nødvendige beslutninger til ondets bekæmpelse, og kommissionen havde mulighed for at føre beslutninger ud i livet, da den havde øverste myndighed over en voksende stab af hjælpere: præster, læger, barberer, ligskrivere, gravere, ligbærere, sygeførere, vægtere m. fl..

Dette pestudbrud var det sidste, der ramte Danmark. I 1720 blev  Sydfrankrig ramt af endnu en ondartet pestbølge, som bredte sig nordpå. Der gik panik i Europa. England tjente mange penge på kort tid, fordi folk ikke ville købe fransk klæde, men købte engelsk. Men pesten nåede ikke længere end til Provence. Og den besøgte ikke siden Vesteuropa.