Tidligere skoleordning
	Skolen under enevælden
	Skolebygningen i Roskilde

I landets skoler stod det heller ikke for godt til. I et kongebrev fra 1594 klages der over den ”uskikkelighed og uflid”, som gik i svang mange steder, og bisperne fik befaling til at eksaminere både skolemestre, hørere og disciple på deres visitatser og fjerne de uduelige; men klagerne fortsatte med uformindsket styrke ind i begyndelsen af 1600-tallet.

Denne situation var så meget mere betænkelig, som jesuiterordenens skoler i Tyskland netop ved denne tid havde skabt sig et sådant ry for deres fremragende undervisning, at også talrige danske studerende søgte dertil, og de ledende danske teologer var ikke blinde for, at de herved foruden latin og filosofi fik dryppet den papistiske læres gift (katolicismen) i deres unge sjæle.

I oktober 1604 forbød regeringen kategorisk at bortgive noget kald i skole eller kirke til personer, som havde studeret hos jesuitterne, men denne negative løsning blev ikke anset for tilfredsstillende, og endnu samme måned gennemførtes derfor en skolereform, som havde til hensigt at højne undervisningen i de danske latinskoler og skabe større ensartethed. For at blive rektor ved en af de syv store kapitelskoler samt i København og Malmø skulle man herefter være magister eller filosofisk kandidat, og såvel skolemestrene i de små skoler som ”hørerne” i de store skulle være ”baccalaurer”.

Enkelthederne fulgte i en detaljeret undervisningsplan med tilhørende ”formaninger”, som var udarbejdet af professor Resen. Der regnedes med seks klasser i de større skoler mod før almindeligvis fem, og en række nye fag som aritmetik, geometri og eventuelt hebraisk indførtes, samtidig med at fordringerne i de allerede bestående fag græsk, dialektik og retorik blev udvidet. Hovedfagene skulle dog som hidtil være religion og latin; gudsfrygt var skolens vigtigste mål, og midlet hertil var frem for alt udenadslæren af Luthers katekismus, bibellæsning, helst på latin, samt flittig kirkegang under lærernes opsyn. Først og sidst tilstræbtes en mere planmæssig tilrettelæggelse af undervisningen.

Skolereformen sigtede kun på latinskolernes forbedring og fik vel også her sin betydning, om end den var begrænset, men degnenes undervisning af ungdommen på landet berørtes ikke. Den samlede sig som hidtil om indterpning af ”børnelærdommen”, dvs. Luthers lille katekismus, samt lidt læsning. Kun sjældent nåede man her frem til også at indvi eleverne i skrivekunsten.

Det helhedsbillede af forholdene, som de danske bisper oprullede for kongen i en samlet henvendelse 1608, var imidlertid malet sort i sort, såvel med hensyn til degnenes som latinskolernes undervisning. Der klages over mangelfuld katekismekundskab hos mange voksne, og skolerne – ”disse statens og kirkens plantebede” - er ved at komme i forfald, siges det. Om grunden hertil er bisperne ikke i tvivl. Lærerne er for dårligt lønnede, og der er "ikke på passende måde sørget for forsørgelse af ældre, veltjente skolemænd på deres gamle loge. Såfremt der ikke bliver grebet ind, må et nyt barbari befrygtes, thi skolerne trues overalt af ruin, og de vil ikke få egnede lærere, hvis lønnen ikke forbedres".

1621 kom en gymnasiereform, hvor der blev forenklet, så der i hvert stift var en stiftsskole, et gymnasium. Sorø Akademi blev oprettet 1623. Man håbede med dette at kunne lave en skole, der var bedre end de tyske jesuiterskoler. Lærerne ved akademiet blev professorer, og man håbede med dette tilbud at kunne holde unge adelsmænd fra at rejse på de dyre studierejser i det store udland. Skolen blev faktisk meget søgt og tiltrak de riges børn - som første station på uddannelsesrejsen, for ud ville de. Blandt de første elever var kongens søn, Frederik.

I 1656 udgives en landsdækkende læseplan for alle latinskoler. Vægten lægges næsten udelukkende på de klassiske sprog latin, græsk, undertiden hebraisk. Man anbefalede dog disciplene at sætte sig ind i matematik, astronomi, kirkehistorie, geografi, metafysik, fysik og etik, men de måtte gøre det  i deres ferier!