Kapitlet afvikles

De katolske kapitler var ikke til sinds at give op uden kamp. Reformatoren Oluf Chrysostomus (Gyldenmund) kaldte de gamle kannikker for "sande bukke, blot uden horn" og "de kronragedes bidske orden". Modsat adelsbisperne, der blot havde kæmpet for deres position, sad der i kapitlerne mange lærde mænd, der faktisk troede på den gamle orden og kunne argumentere for den. Især Roskilde kapitel var kendt for sin holden fast ved den gamle tro, og det var nok også grunden til, at Roskilde mistede positionen som stiftsby. Peder Palladius måtte tage til byen og prædike for kapitlet i 14 dage, og kongen kunne godt lide at kalde kannikker til København, så han kunne høre dem diskutere med professorerne på universitetet.  Det var dog andet end ord, man kæmpede om. Da Palladius krævede, at kapitlet skulle fjerne Skt. Lucius, sendte brødrene i et forsøg på at formilde fjenden ham en okse (de sendte også en til Johan Bugenhagen).  Palladius skrev dog til Jørgen Sadolin i Odense: "Vi skulle imidlertid ved Guds nåde mandelig gøre en ende på disse uhyrer og papistiske bæster". Det blev da også slutresultatet. Ikke fordi Palladius og de andre reformatorer havde de bedste argumenter, men fordi de havde magten. Selveste Hans Tausen blev plantet i kapitlet for at tale de gamle til fornuft. Men det var med ordrer, det hele blev ændret.

I 1556 blev det pålagt kannikerne i Roskilde, at de skulde aflægge deres katolske dragt, røckelinen (den hvide præstekappe) og korkåben. Det er Andreas Barby, som foranledigede dette. Han var bl.a. forlenet med domprovstiet  i Roskilde. Derfor opdagede han, hvor katolsk Roskilde stadig var. 

Det tog tid at få bugt med så rodfæstet en institution som Domkapitlet. Det overlevede reformationen i næsten halvandet hundrede år, men til sidst fik enevælden det helt udslettet. Det er næsten sindbilledligt, at det ældgamle kapitelhus ved Roskilde Domkirke nu ligesom dukker sig ved foden af enevoldskongernes storslåede mausoleum, Frederik V's og Christian IV's Kapel. I middelalderen var det anderledes, da var i lang tid kapitelhuset Domkirkens eneste tilbygning; først lidt efter lidt korn bispers og adelsslægters kapeller og senest de kongelige mausoleer. Domkapitel og Domkirke hørte uløseligt sammen, og det er ikke godt at sige, hvem der mest gav glans og magt til hvem.