I 1534 hives de sidste bånd mellem Danmark og Rygen over. Da indføres den protestantiske kirkeordning i Pommern, og Roskilde er ikke længere stiftsby.  Det hele sker på en pommersk landdag i Treptow: Den reformerte kirke skal være landsreligion i hele Pommern, og hertugen overtager øvrigheden over kirken og de kirkelige indtægter. Klostrene i Bergen og på Hiddensee sekulariseres og overtages af hertugen. Kirkeligt lægges Rygen under Stralsunds biskop. I Mecklenburg sker noget tilsvarende på Sternberger Landtag (1549), så at hele Nordtyskland bliver luthersk.

1637 dør hertug Bugislaw XIV af Pommern og med ham uddør det gamle pommerske fyrstehus af slavisk afstamning. Formelt lægges hertugdømmet, nu Vorpommern, under kurfyrstendømmet Brandenburg, men det er allerede besat af svenskerne, som bruger området som opmarchområde for sin indsats i 30-årskrigen. Ved den Westfalske fred, som afslutter krigen i 1648 får Sverige som krigsbytte Rygen, den hidtil frie hansestad Stralsund og Vestpommern, tilsammen Svensk Forpommern. Området forbliver svensk helt frem til 1814, hvor Sverige (som lige havde tabt hele Finland til Rusland) afstod det til Danmark (men fik hele Norge i bytte som kompensation for Finland, så det var Danmark, der tabte). Brandenburg, der nu var blev Preussen, ville dog have sin gamle arv fra 1637 nu - men frem for alt ville landet have havne ved Østersøen. Så Danmark fik ikke Forpommern, men  måtte nøjes med det lille hertugdømme Lauenburg syd for Lübeck (som Danmark så tabte sammen med Holsten og Slesvig i 1864). Det var en værre omgang landebytteri.

Svenskerne gjorde sig ikke så meget bemærket i Vorpommern. Den første generalguvernør, Carl Gustav von Wrangel ville bo standsmæssigt, så han ombyggede Spyker (billedet)  til dette formål. Og så blev bønderne på Rygen (som det vestligste sted, denne undertrykkelsesform slog igennem) gjort til livegne under adelen af svenskerne.