I 1164 sendte biskop Absalon den "hæderværdige provst Sakso" - der ikke er identisk med Saxo Grammaticus - til St. Genevieve-klosteret med et brev til abbeden, hvori denne blev anmodet om at overlade ham Vilhelm samt tre andre klosterbrødre, fordi Absalon i sit stift havde et kloster, der "egnede sig godt for deres klerkeliv”. Man kan formode, at ti11adelsen blev givet omgående og med glæde og en vis lettelse over, at man på så pæn og nem en måde kunne slippe af med en besværlig kannik. Vilhelm og de tre kannikker tog imod opfordringen og fulgte i 1165 med provst Sakse tilbage til Danmark.

Man ved ikke, om hele rejsen er foregået pr. skib, men efter beretningen landede selskabet den 15. august 1165 på Sjællands kyst og nåede efter 6 dages rejse  til Roskilde. Her indskibede man sig for Eskilsø, hvis klosters forfaldne tugt og orden Vilhelm nu skulle søge at bringe på fode. Med Absalons virkningsfulde og myndige støtte blev Vilhelm nogle dage senere "frivilligt” indsat som abbed, og hermed begynder den første del af Æbelholt klosters historie.

Siden begyndelsen af 1100-tallet havde et samfund af augustinerkannikker resideret på Eskilsø; men nu var hustugten og moralen kommet så slemt i forfald blandt kannikerne, at Absalon så det som en vigtig opgave snarest muligt at sanere klosteret. Denne opgave blev nu betroet Vilhelm, og det viste sig hurtigt, at Absalon med dette valg havde fundet den rette mand til den rette plads.

Ved Vilhelms ankomst bestod Eskilsøsamfundet kun af 6 kannikker. Efter Vilhelms tiltræden som abbed fik to af de sletteste kannikker løbepas, og tilbage blev så et kapitel på 8 medlemmer, nemlig Vilhelm selv og de tre franske brødre samt de fire oprindelige.

Eskilsøklosteret antog samtidig med abbedskiftet den noget strengere Skt. Victors ordensregel. I løbet af nogle år og efter mange bryderier lykkedes det at genoprette klostertugten og dermed klosterets anseelse. Det vakte en del modstand blandt de danske kannikker, at Vilhelm indførte nye urter og vækster, som han tvang disse til at spise. Kannikerne klagede og sagde "I stedet for æde giver han os træernes blade og markens urter at æde”. Medkannikkerne lod det dog ikke blive ved mundtlige klager. I "Abbed Vilhelms levned” fortælles blandt andet, at de gamle kannikker efter at de franske brødre var vendt tilbage til Paris flere gange stræbte ham efter livet. En nat havde satan tændt ild i en bunke halm, der lå ved hans seng i den fælles sovesal, dormitoriet. En anden gang tænkte brødrene på at drukne ham i en sæk, at slå ham ihjel med en okse eller at sælge ham som slave til venderne. Alle onde anslag blev dog afvist, det var, som om de himmelske magter beskyttede Vilhelm. Og til sidst blev han, der gik foran i personlig askese og forsagelse, der bar hørskjorte på den bare krop, og som aldrig krævede andet af andre end det, han selve ydede i fuldt mål, æret og anset af alle. Hans omsorg for fattige og syge, ulykkelige mennesker var enestående og bragte ofte klosterets økonomi i fare. En angrende synder fandt altid hos ham en forstående og tilgivende ven. Hans dygtighed i den kanoniske ret og hans færdighed i at tale og skrive latin blev næppe overgået af nogen anden dansk gejstlig, således at han regnedes for datidens betydeligste kapacitet på disse områder. Alt dette i forbindelse med hans vækkende og ildfulde prædikener og hans i personlige samtaler aflagte ægte kristelige vidnesbyrd gjorde et meget dybt indtryk på alle, der kom i berøring med ham.

I Tjæreby sogn havde Vilhelm fundet en for det nye klosterbyggeri velegnet plads, en rydning i Gribskov, en lille frugtbar krog, omgivet af ferskvandssø og åløb tæt ved en af de store landeveje og godt 3 km fra Arresø. Med dette nye kloster, som Vilhelm selv grundlagde, blev de bedste franske augustinertraditioner overført til dansk grund, og fransk kultur og åndsliv fik derigennem indflydelse herhjemme ikke blot i abbed Vilhelms tid, men gennem hans elever i århundreder fremover.

Som et udtryk for den anseelse, abbed Vilhelm nød allerede ved ankomsten til Danmark i 1165, skal det anføres, at kong Valdemar den I (1157—82) modtog ham i Ringsted "på hædrende og forekommende måde”

Vilhelms ungdomsvenskab med Absalon, der stammede fra Absalons Parisertid, udbyggedes og varede livet ud og udvidedes til også at omfatte Suneslægten. Absalons søskendebarn, Sune Ebbesøn (død 1186) havde en gård i Knardrup, ca. 40 km fra Æbelholt. Sune tilhørte Vilhelms vennekreds. Sunes søn Peder Sunesøn (1161—1214), der blev biskop i Roskilde efter Absalon i 1191, fik sin grundlæggende skoleuddannelse på Æbelholt kloster. Den anden berømte Sunesøn, Anders (ca. 1167—1228), der efterfulgte Absalon på ærkesædet fra 1201-23 og deltog i Valdemar Sejrs Estlandstogt 1219, var også Vilhelm en hengiven ven.

Den unge konge, Knud den Sjette (1182—1202), viste ligeledes Vilhelm stor tillid og modtog hans tjenester. Vilhelm blev af Absalon og kongen anvendt til at føre vigtige forhandlinger med pavestolen, hvorved hans grundige kendskab til den kanoniske ret samt hans store internationale anseelse og personlige forbindelse med kardinaler og paver kunne udnyttes fuldt ud i den danske stats og kirkes tjeneste.

Påskemorgen den 6. april 1203 døde han antagelig af en blodprop i hjertet i sin alders 75. år.

Herefter var der "jærtegn", tegn på, at manden var hellig. Deres antal steg, og de fandt sted dels ved Vilhelms grav i klosterets første midlertidige kirke af træ, og dels i forbindelse med hans personlige efterladenskaber, nemlig et par tænder, og dels langt fra klosteret, når folk påkaldte hans navn, eller når han viste sig for folk i drømme. I 1210 var de indregistrerede miraklers antal så stort, at det var klart, at Vilhelm var helgen. Folket havde for længst kåret ham dertil, og man manglede nu kun pavestolens approbation/tilladelse for at kunne indføre ham i Kirkens officielle helgenskare.

Ærkebiskop Anders Sunesen fra Lund, biskop Nicolaus Arneson fra Oslo og biskop Benedikt (død 1230) af Skara bad nu pave Honorius III (1216—27) om at kanonisere Vilhelm. Den 28. maj 12l8 pålagde paven da Anders Sunesøn, dennes brodersøn, Roskilde-bispen Peder Jakobsen (1215-24) samt abbed Thomas fra Herrisvad cistercienserkloster i Skåne at foretage en grundig undersøgelse af de indberettede jærtegn. De mange rapporter blev nu kritisk gennemgået. Resultatet af kommissionens arbejde blev bogen: "Abbed Vilhelms levned”. På grundlag af denne samt af en meddelelse fra den pavelige legat, kardinal Gregorius de Crescentia, kundgjorde paven ved en bulle af 21. januar 1224. at Vilhelm var blevet optaget blandt Kirkens officielle helgener. Ved en bulle af 29. januar samme år, loves der 40 dages aflad til enhver, der på Skt. Vilhelms festdag - der fastsattes til den 16. juni - og i ugen derefter besøgte Æbelholt kirke.

Den 16. juni 1238 overførtes Vilhelms lig under udfoldelse af stor pragt og højtidelighed til højalteret i klosterets nye teglstenskirke. Højtideligheden overværedes blandt andet af tronfølgeren, den udvalgte kong Erik (født 1216 og konge 1241-50 under navnet Erik IV Plovpenning) samt Roskildebispen Niels Stigsen (1225-45). En del af Vilhelms skeletdele, ligklædning og kiste overlodes til forskellige af stiftets andre kirker, således Roskilde domkirke (en hel arm!), Roskilde Gråbrødrekirke (helt fingerled et stykke af et ribben, 4 knoglestumper samt noget af hans gedehårstæppe, to stykker af hans sko, noget af hans ligklædning, noget af hans kiste og noget af hans stav), Vor Frue kirke i København (en finger, et skulderblad samt flere tøjstykker) samt København Gråbrødrekirke (noget af kraniet, det ene ben, tøjstumper fra ligklæde, kjortel og støvle, i alt 17 dele). Domkirken i Lund fik Vilhelms berømte uldne hue.

Æbelholt Kloster