Knardrup kloster er det yngste sjællandske cistercienserkloster, grundlagt kort efter 1320 af Christoffer II med munke hentet i Sorø. Klosteret fik en meget ublid start og først i Valdemar Atterdags regeringstid blev det rimeligt konsolideret. Arkivet har næppe været stort, og kun få originaldokumenter er bevaret. Det drejer sig især om adkomster på klosterets gårde i København, idet nogle breve fulgte med ved salget af den ene til Skt. Peders/Petri kirke. Klosterets gods er dog ret veloplyst, fordi det sammen med bygningerne blev skænket til det genoprettede universitet ved Christian 3.s fornyede fundats 1539. Godset kan følges i universitetets jordebøger og regnskaber, indtil kronen generhvervede det ved mageskifte 1561. Landsbyen Søsum hørte under klostret.

Syd for Kirkesøens vestlige del i Ganløse, lige under den nuværende Knardrupgård, ligger resterne af Knardrup kloster. Oprindelig var her en herregård tilhørende en gren (Galen) af den store Hvideslægt. Dens først kendte ejer var Skjalm Hvides søn Ebbe Skjalmsen (d. 1151). Hans søn Sune Ebbesen (d. 1186), som overtog Knardrup, var fader til de kendte Sunesønner, af hvilke Andreas efterfulgte Absalon som ærkebiskop i Lund, medens Ebbe Sunesen (d. 1208) fik Knardrup. Dennes datter Benedikte blev gift med den svenske konge Sverker II. Dette førte ham ind i svenske tronstridigheder, og han faldt sammen med sin broder Laurens i slaget ved Lena. På Knardrup fulgtes han af sønnen Peder Ebbesen (d. 1256). Dennes sønner Torben og Peder var de sidste af slægten på Knardrup. 

 I Ganløse Orned findes et mærkeligt jordværk: En rund forhøjning, der ikke er omgivet af voldgrave På toppen er en ydre ring eller vold afskåret ved en smal sænkning, der sikkert har gået hele vejen rundt, men formodentlig forårsaget af senere afgravning har den nu nærmest hesteskoform. Muligvis drejer det sig om et lille voldsted, der har båret et trætårn på midtfladen, der er ca. 5 m i diameter. Denne fæstning kan have været i Galenslægtens eje.

Fru Ingefred, hr. Peder Jensen Galens datter, kaldet fru Ingefred af Ganløse, nævnes 1336 og 1350. 

I disse års kampe mellem kirke og kongemagt tog Galenslægten parti mod kongen, hvilket kostede dem Knardrup, der efter mordet på Erik Klipping 1286 som forbrudt inddroges under kronen som kongsgård. Erik Menved udstedte 1308 et gavebrev herfra. 1326 oprettede Christoffer II af Knardrup et cistercienserkloster, det yngste i Danmark, som datterkloster af Sorø, hvorfra det fik sit konvent på 40 munke. Det kaldtes som regel "monasterium regalis eurie in Knarredorp". Det var indviet til jomfru Maria, hvis billede det førte i sit segl. Det kaldes også i et brev omkring 1490 "Jomfru Marie kloster i Knarredorppe". Som kloster led Knardrup en urolig skæbne. Allerede Mikkelsdag 1326 efter Christoffer II's fordrivelse, bemægtigede Barnum Eriksen til Skarsholm (d. ca.. 1329) sig klosteret under påberåbelse af arveret til krongods og udjog abbed og munke. Efter hans død tog enken, en datter at Peder Tygesen af Udby, og ridderen Ingvar Hjort (d. ca. 1334) klosteret i besiddelse, medens lægfolk tiltog sig Søsum og andet af jordegodset. Munkene klagede til paven, som 1329 bød abbeden for Cismar kloster samt skatmesteren og kantoren ved domkirken i Lübeck at undersøge sagen. Denne kommission kunne åbenbart intet udrette, thi først 1343 sendtes et nyt konvent fra Sorø til Knardrup. Nystiftelsen skyldes muligvis Valdemar Atterdag, men heller ikke nu fik klosteret trygge forhold, fordi, som det hed, "alle rettens nødvendige former ikke var iagttagne ved oprettelsen". Man bad derfor paven stadfæste klosteret påny, hvilket denne 1403 pålagde Rosekildebiskoppen Peter Jensen Lodehat at gøre efter fornøden undersøgelse. I 1420'erne havde klosteret vanskeligheder med Erik af Pommern p.gr.a. hans indblanding ved abbedvalg. Tid efter anden opnåede klosteret udvidelser af sit oprindelige gods, men nåede aldrig noget betydeligt omfang, forblev et "landsbykloster".

Dets ejendomme lå især i Nordsjælland, men også helt nede omkring Slagelse havde det besiddelser. 1516(?) solgte det således til Antvorskov kloster en gård i Jernbjerg. Videre havde det ejendomme i København. Ganløse kirke hørte også under det. Ofte betænktes det i testamenter, således 1398, 1503 og 1529. 

Eksempler kendes på, at lægfolk fandt livsvarigt ophold i klosteret og til gengæld overlod det deres ejendom. Således 1490 den københavnske borger Mogens Jensen, kaldet Jævnond, og hans hustru. 

Af  abbeder kendes:

Knardrup klosters abbeder
Omkring 1339 i Sorø	Svend
Omkring 1400	Esbern
Omkring 1423	Johannes
Ca. 1423-1429	Markvard Lydersen
1466-1491	Jacob døde 1518  ( senere abbed i Sorø)
1491-1498	Mathias
1498- ca.1512	Peter Jensen
Ca.1512-1523	?????
1523-1537	Jens (til ophævelsen).

Ved reformationen ophævedes Knardrup kloster som et af de første. Ved gavebrev af 10/6 1539 overlod Christian III. Københavns universitet Knardrup. Reelt var overdragelsen sket formentlig 1538. Professorerne drev Knardrup ved en foged. 1538-47 nævnes i denne stilling præsten i Ganløse hr. Peder Jensen, fra 1547 Knud Pedersen Skriver (d. 1569), senere borgmester i København. Under pesten i København, 1546, søgte flere af professorerne i sikkerhed på Knardrup, således også den medicinske professor Christiern Morsing, der herfra udsendte sit skrift "En liden bog om pestilenses Årsage, forvaring og legedom derimod". 1561 kom Knardrup ved mageskifte i Frederik II's eje mod bl.a. Skt. Clara kloster i Roskilde. Bygningerne nedreves, og stenene er formentlig for en del genbrugt på Frederiksborg slot.