Anatomisk teater Rasmus Bartholin Thomas Bartholin Bartholinerne
	Biskopper over Sjælland

Alle andre studieretninger stod aldeles i skygge af teologien i begyndelsen af 1600-tallet, og af mange betragtedes de andre fag stadig blot som »teologiens terner.« Den juridiske professors forelæsninger var næsten udelukkende beregnet for vordende præster, og det filosofiske fakultets professorer gjorde deres største nytte ved at bibringe de studerende en vis klassisk dannelse og supplere de ofte ret mangelfulde kundskaber i latin, græsk og hebraisk, som de bragte med sig fra gymnasierne. Ligesom denne uddannelse var en forskole til det teologiske studium, var også selve lærestolene kun for begynderstillinger at regne. Herfra kunne man så avancere til et teologisk professorat.

Mere overraskende kan det virke, at det også var muligt at gå fra et medicinsk professorat til et teologisk, men det skete og viser mere end mange ord, hvilken enhed der endnu var over den akademiske uddannelse. Caspar Bartholin var berømt allerede som barn. Han lærte at læse, da han var 3 år og holdt 13 år gammel taler på latin og græsk. Han studerede i Padova og Basel og gjort sig fortjent ved at forfatte en anatomisk håndbog, tog skridtet fra medicin til teologi i 1624. Han slog sig samtidig delvist ned  som kannik i Roskilde, hvor hans berømte søn Rasmus blev født (Thomas var født inden) . Efter sigende var det under en svær sygdom, han afgav et løfte om, at han ville hellige sig teologien frem for medicinen, hvis han blev rask.

Caspar Bartholins arbejde med anatomien blev videreført af svogeren Ole Worm og senere af Simon Paulli, der i 1639 blev udnævnt til professor i anatomi, kirurgi og botanik. Fra 1644 afholdt Paulli under stor opmærksomhed offentlige disseksioner på et dertil indrettet "teater" på universitetet.

Som teolog stod Bartholin på Hans Poulsen Resens side i kampen mod tilhængerne af Roskildekannikken Niels Hemmingsen og hans "kryptocalvinisme". Resen var i sin kamp for Luthers rene lære stærkt på vej mod den danske kirkes højeste embede. I 1615 udnævntes han til Peder Winstrups efterfølger som biskop over Sjællands Stift, og hermed havde den lutherske ortodoksi vundet sin endelige sejr. Dette kom stærkt til udtryk to år senere, da den danske kirke fejrede hundredåret for fremkomsten af Luthers teser. Reformationsjubilæet blev en stor lovprisning af "hin gode Luther", ved hvem Gud havde optændt "det sande evangelii lys", medens luthereleven Melanchthon (som havde været konsulent, da den danske kirke skulle reformeres) trådte noget i skygge. Dog ville Resen på ingen måde bryde staven over mester Philipp (Melanchthon), som det skete i Tyskland; hans ideal var netop det gamle danske kirkelige: at holde fast ved både Luther og Melanchthon. Men jubilæet blev tillige en fest for sejren over kryptocalvinismen, hvis mest udtalte tilhængere en for en var blevet fjernet fra deres embeder - sidst, 1 1616, Resens egen svoger, biskoppen i Odense Hans Knudsen Vejle. Så tilfreds var Resen med festens forløb, at han fik gennemført, at der herefter hvert år skulle afholdes en reformationsfest både i kirken og på universitetet, hvor Resen netop for tredje gang var valgt til rektor - og hvor traditionen blev fulgt lige til 1906. Som vejledning for præsterne hertil udgav han sit skrift om Reformationen og "den triumferende Luther": Lutherus triumphans. En sejr for Resen var det også, at hans uforsonlige fjende, matematikeren Christoffer Dybvad blev bragt til tavshed i 1620. Anklagepunkterne var dog her først og fremmest politiske. Det var en række hadefulde udtalelser om adelen, rigsrådet og kansler Christian Friis, der gav anledning til, at der blev rejst sag mod denne svorne tilhænger af den enevældige kongemagt. Men nogle private optegnelser, som viste Christoffer Dybvads foragt for kristendommen og hans fuldstændigt amoralske indstilling, blev også inddraget. Konsistorium dømte på dette grundlag Dybvad til med vanære at være udstødt af den akademiske stand, og regeringen fastsatte hans straf til livsvarigt fængsel på Kalundborg Slot. Her døde han i 1622 af kulilteforgiftning. Således havde Resen sejret på alle fronter, og som hans trofaste støtter stod den nye tids ortodokse teologer: Holger Rosenkrantz og de unge professorer Jesper Brochmand, Caspar Bartholin og Jens Dinesen Jersin. De kunne mødes i kravet om, at den personligt oplevede tro måtte give sig udslag i det praktiske liv, og Sjællands biskop anviste vejen. På sit første landemode 1615 lagde han sine præster stærkt på sinde at forbedre deres levned og vise større nidkærhed i embedsførelsen. Drukkenskab, hovmod, indbyrdes kiv, utugt og slagsmål måtte de fly, såvel som de calvinske skrifter, der var i strid med den Augsburgske Trosbekendelse. Til gengæld burde de lægge større iver for dagen i arbejdet for at fremme katekismeundervisningen. I 1619 gav Resen desuden præsternes læreforpligtelse en klarere afgrænsning end hidtil, idet han udvidede den ordinations-ed, han forlangte aflagt i Sjællands Stift, til at omfatte en forpligtelse på den lære, som "kort sammenfattet indeholdes i Luthers lille Katekismus og den Augsburgske Bekendelse af år 1530." Regeringen støttede gerne den myndige biskop i disse bestræbelser. I 1618 udkom en forordning om landemoder (provstemoder), som indførte ensartede regler for hele landet, således at der for fremtiden skulle afholdes to provstemoder årligt i hvert stift, hvor gejstlige sager skulle påkendes med stiftslensmanden og lensmanden i det pågældende len som meddommere, og videre indskærpedes det, at kalenterne, hvor herredets præster samledes for at påhøre de biskoppelige påbud, som provsterne bragte med fra landemodet, ikke som hidtil skulle foregå "med fremmed drik og anden bekostning", men "ædrueligen og udi gudsfrygt". I samme strenge ånd var en forordning af 1623 om sværgen og "helligbrøde", dvs. arbejde på søn- og helligdage. Begge dele skulle herefter straffes med bøder. Ingen skulle være i tvivl om, at det var alvor, når konge og bisp forlangte orden i kirkens forhold og krævede, at "troens frugter" skulle vise sig i det daglige liv. Den ortodokse statskirkes tidsalder var rodfæstet, og Caspar Bartholin var den, der på universitetet stod for uddannelsen af nye præster til denne kirke.