Den sjællandske stormand Peter Bodilsen (d. tidligst 1142) stiftede 29/11 1135 sammen med sine brødre Hemming og Jørgen og deres moder fru Bodil et benediktinerkloster i Næstved, indviet til Skt. Peder. De henlagde hertil i fællesskab kirken i Næstved (Skt. Peders) samt hver for sig en del jordegods. Eskild, biskop i Roskilde, senere ærkebiskop (d. 1181), der muligvis var den drivende kraft ved stiftelsen, udfærdigede stiftelsesbrevet, som kendes i en kopi fra 1245, og bidrog  selv til klostret med sin del i ovennævnte kirke i Næstved samt med kirkerne i Tjæreby og Hårslev (Flakkebjerg herred) med fritagelse for bispelige afgifter. Dertil bispetienden af en fjerdedel af Tybjerg herred samt af alle klostrets daværende og kommende besiddelser i Roskilde stift. 

I det hele taget gør Eskild meget ud af at få munke fra reformbevægelserne til Danmark. I 1144 får han sin ven Bernhard af Clairvaux til at sende munke fra hans egen reformorden, cistercienserne ("hvidebrødrene" efter farven på deres munkekutter), til Danmark. De grundlægger ved Herrisvad i Skåne Herrevad Kloster. Ved hjælp af munke herfra, grundlægger Eskild siden Esrum og Ebelholt klostre i Nordsjælland. Og munke fra disse klostre giver senere grundlæggere til Løgum og Vitskøl Klostre (grundlagt af kong  Valdemar 1158) i Jylland (hvorfra munke siden grundlægger de sidste cistercienserklostre i Jylland, bl.a. Øm Kloster), ligesom Absalon henter munke til den reorganisering af sin fader Asser Rigs kloster i Sorø, som han får foretaget.

Fra dette udgangspunkt voksede klosteret i tidens løb især ved gaver til en meget rig stiftelse, hvis gods i alt omkring 1480 af H. J. Helms på grundlag af abbed Jeps regnskaber er udregnet til nær ved 30.000 tdr. land. Størsteparten heraf lå ret samlet i de nærmeste herreder, men over hele Sjælland samt på Møn og Lolland-Falster og i Skåne ejede klosteret bøndergods og kirker, ligesom det ejede købstadsejendomme ikke blot i Næstved, men også i Køge, Ringsted, Roskilde, Vordingborg og København. 

Over Næstved by besad det middelalderen igennem betydelige rettigheder, som havde deres udspring i Erik Lams gavebrev af 21/2 1140. Foruden de rettigheder, som fulgte af den i tidens løb voksende ejendomsbesiddelse i byen, fik klosteret herved tillagt byens torv med alle torverettigheder, al domsret og heraf følgende bøder, også 3-marks og 40-marksbøder, som ellers overalt tilkom kongen. Endvidere byens midsommergæld og endelig en lempelig afløsning af dens ledingspligt. Abbeden havde ret til at udnævne borgmester rådmænd og byfoged i byen, der da også i sit byvåben viser de korslagte gejstlige nøgler. I tidens løb bevaredes disse højhedsrettigheder over Næstved i det væsentlige lige til reformationen. I takt med, at klosteret erhvervede flere og flere ejendomme i byen kom højhedsretten efterhånden til at ligne ejendomsret.

Klosteret, der må antages oprindeligt at have ligget inde i Næstved i umiddelbar forbindelse med Skt. Peders kirke, er senere flyttet ud nord for byen, hvor nu Herlufsholm ligger. Denne flytning er tidligere sat i forbindelse med klostrets brand påskenat 1261, hvorom "Yngre Næstved Årbog" beretter, men arkæologiske undersøgelser og fornyede kritiske studier af de skriftlige kilder har godtgjort, at den må være sket allerede omkring 1200. Den opfattelse er også gjort gældende, at klosteret fra begyndelsen er anlagt på dette sted ude i skoven. Klosteret havde både før og efter udflytningen navn efter byen. I gavebrevet af 1140 kaldes det "Cenobium Nestweit", senere møder vi varianter af navnene Skt. Peders kloster af Næstved, Næstved kloster og Skt. Benedicts kloster af Næstved. Også formen De sorte munkes kloster i Næstved træffes - ikke at forveksle med det Sortebrødrekloster (Dominikanerkloster) i Næstved, som bestod fra 1200-tallet. Navnet Skovkloster træffes første gang 1363 (her nævnes i et brev "abbeden af Skow-closter") og bliver efterhånden det dominerende, men synes først senere at blive officielt anerkendt. Det træffes første gang i et pavebrev 1457 og i de kongelige privilegier 1514. Intet andet dansk munkekloster har så fyldige kilder som Skovkloster. 

Foruden af diplommaterialet belyses dets historie især af 4 vigtige håndskrifter lavet i selve klosteret: 

1. Næstved-kalendariet (Calendarium Nestvediense) indeholdende 

1. en liste over klostrets velgørere 1135—1461, 
2. en broderliste, d.v.s. en opregning af klostre og gilder, som stod i broderskab med Skovkloster (o. 1200—1344), 
3. et nekrologium (dødebog: Fortegnelse over messer) (fortrinsvis fra o. 1265—1503), 
4. den såkaldte "Ældre Næstved Årbog" (1130—1228) og 
5. forskellige smånotitser

2. Obituariet eller Dødebogen (Qbituarium Monasterii beati Petri Nestvediensis) (ført fra 1488 til omkr. 1525), en liste over klosterets afdøde velgørere; 
3. abbed Je(i)ps regnskaber (1467—81) og 
4. Gavebogen (liber donationum), en fortegnelse over klosterets privilegier, skøder, tingsvidner m.m., som abbed Rasmus Daw lod affatte 1528, da den begyndende reformationsbevægelse tegnede sig som en trussel for klosteret. 

Foruden "Ældre Næstved Årbog" er i klosteret også opstået den såkaldte "Yngre Næstved Årbog" (821—1300), der modsat den ældre indeholder oplysninger til klosterets egen historie. 

På grundlag af oplysninger i kalendariet har munkekonventets størrelse tidligere været anslået til 19, men nyere undersøgelser godtgør, at kalendariet er meget ufuldstændigt, og at tallet i reglen snarere har været ca 30. I Herlufsholm kirke er der i dag 22 korstole, og man ved, at der er forsvundet 8. Deraf skønnet på 30 monachi, præsteviede munke med kortjeneste. Dertil kom novicer, lægbrødre (laici), konverser (conversi, også en slags lægbrødre), og man regner med, at der også har været 30 lægbrødre. Ved siden af disse i alt 60 brødre kom oblati/oblater (drenge, som var sendt på opdragelse i klosteret) samt det tjenende personale, som på abbed Jeps tid var ca. 50. Der var bagere, kokke, bryggere, barberer, teglslagere, en murer, husmænd og fiskere, røgtere, stalddrenge, vognsvende, skovfogeder, skrivere samt af hunkøn køkkenpiger og bryggerspiger. Virksomheden var alsidig. I 1300-tallet beretter en kilde, at klosteret byggede kogger (fragtskibe). Endelig var der de indgivne (donati), dvs. folk, især adelige, der mod donationer fandt ophold og pleje på eller ved klosteret på deres gamle dage. Pensionærerne kan have boet på selve klosteret eller i småhuse rundt omkring på klosterets grund. Hans Tidikesen (d. 1500, hans ligsten findes i kirken), som skrev sig til Skovkloster, har tidligere været antaget for forstander over klosterets gods, men var sammen med sin hustru og datter indgiven. Samme stilling indtog Bo Jensen (Liljesparre), som 1486 skænkede hele Gerdrup by (Tybjerg hrd.) til klosteret. Også fattigbespisning hørte med til klosterets opgaver. Således var en ejendom i Møllegade i Næstved skænket til klosteret med det formål, at der skulle uddeles 20 brød hver fredag og 20 hver søndag. Godset i Ulstrup var givet klosteret for at de fattige hver uge kunne få 100 brød og en tønde øl.

I spidsen for klosteret stod en abbed, som if. Benedict af Nursias regler skulle vælges af munkesamfundet. For Skovklosters vedkommende tilkom det Roskildebispen at stadfæste valget og indvi abbeden, en ret der til tider synes at have formet sig som en reel indsættelsesret. I et brev fra Christian I til klosteret minder kongen således om, at "bispen og provst i Roskilde haver befaling af paven at salve klosterets formænd". Det er dog sandsynligt, at abbedvalgene i Skovkloster normalt skete på regelret vis af munkene selv. Trods de relativt gode kilder til klosterets historie kendes abbedrækken kun ufuldstændigt. 

Skovklosters abbeder
Ca.1200	Oluf
-1250	Niels døde 1250
1265- 1265	Niels Pink døde 1265. Muligvis den Niels III, der har signeret klosterets klokke "Katerina"
1515-1273	Jens
1273-1279	Peder Rud døde 1279
1279 - tidligst 1286	Peder Esrethorp
Ca.1286-1294	Bo døde 1294
1294-1297	Sven Capdur trak sig tilbage 1297
1297-1299	Jens
fra 1300-?	Jens tidligere abbed for Allehelgens kloster i Lund
?-1309	Ebbe døde 1309
1309-? (1326?)	Oluf Corn døde 1326 som forhenværende abbed
?-1328	Jens
Ca. 1328-senest 1353	Jens Buze døde 1363 som forhenværende abbed
Senest 1353 - tidligst 1378	Thrugillus (Troels)
Tidligst 1378-1419	Mattheus døde 1419 Hans ligsten er bevaret i Herlufsholm kirke og melder, at han var en fremragende styrer af klosterets timelige anliggender og genrejser af dets forfaldne bygninger.
1419-tidligst 1423	Jakob
Tidligst 1423-ca. 1431	Niels Ravn
Ca. 1431-1448 (?)	Jakob Germundsen døde senest 1448. Kendt både fra indskriften på klokken "Gertrud" og fra en ligsten i kirken.
Ca. 1448—1458?	Jens Brok. Senere stedfortræder for abbed Jep. Måtte muligvis fratræde i anledning af klosterreformen 1458. Døde 1490.
1458?-1482	Jep døde 1482
1482- 1503	Oluf Pedersen døde 1503. Kendt for sin meget kraftige ledelse af klosterets anliggender, navnlig de timelige. Førte utallige processer.
1503	Niels
Ca. 1503-1508	Knud Jonsen
1508-1512	Tidikinus
1512-1532	Rasmus Daw døde 1532.
1532- 1559	Christoffer Hansen døde 1559 og var klosterets sidste abbed. Under grevefejden måtte han for en tid afstå dets ejendomme i Næstved, herunder Magle mølle, til byen.

Skovkloster sekulariseredes, mens Christoffer Hansen var abbed. Klosteret blev 1537 et kongeligt len.

Skovklosters lensmænd og ejere
1537-1555	Ove Bille, tidligere Århusbiskop, fik klostret i forlening  frit og på livstid. Han døde 1555.
1555-1559	Christoffer Hansen både abbed og lensmand til sin død.
1559- 1560	Klosteret lagdes under Vordingborg len.
1560-1565	Kronen mageskifter Skovkloster med Hillerødsholm. Herluf Trolle bliver den nye ejer til sin død. Godset kaldes Herlufsholm efter ham.
1565-1574	Enken Birgitte Gøye opretter skolen på Herlufsholm og bor der selv til sin død.

De tilbageværende munke blev 1559 overført til Sorø og Antvorskov. 

Ved Næstved Skt. Peder klosters stiftelse havde Benediktinerordenen allerede bestået i over 600 år. I dens lange historie indtrådte perioder med stærkt forfaldpræg. Den cluniacensiske genrejsningsbevægelse var antagelig forudsætningen for ordenens indtrængen i Danmark, men et nyt forfald gjorde sig efterhånden gældende. Herimod opstod i 1400-tallet med udgangspunkt i den såkaldte Bursfelder­kongregation en ny klosterreformbevægelse. 1458 reformeredes Skovkloster efter ansøgning til paven fra nogle af dets egne munke, som erklærede, at de ikke for deres samvittighed kunne forsvare at blive i klosteret, hvis ikke en reform gennemførtes. Denne foregik imidlertid under stor indre strid, hvorunder flere misfornøjede munke forlod klosteret. Reformen synes dog i det hele ikke at have været meget dybtgående, og livet i Skovkloster havde formentlig stadig et i mange henseender temmelig verdsligt præg.

Under det senere Herlufsholm - og dermed muligvis under forgængeren klosteret - hørte en gård i Støden i Roskilde. Den blev solgt fra til en bonde i 1677.